Allievo del padre (fu il terzultimo figlio di Johann Sebastian, e l’undicesimo nato dal suo secondo matrimonio), poi del fratellastro Carl Philipp Emanuel a Berlino, qui si appassionò per l’opera italiana al punto che ben presto lo troviamo a Milano, dove verso il 1755 entra nell’orchestra del conte Litta e viene da questi mandato a Bologna per perfezionarsi col celebre Padre Martini.
Convertitosi al cattolicesimo, nel 1760 ottenne il posto di organista al duomo di Afilano, iniziando nel 1761 la carriera di compositore d’opera.
I successi di Torino e di Napoli gli valsero la nomina a compositore del King’s Theatre di Londra: dal 1762 visse a Londra, dove fu anche maestro di musica della regina Sofia Carlotta; ebbe contatti col Mozart fanciullo, che dalla sua musica ricevette stimoli non trascurabili.

Fu assai ricercato come insegnante e molto applaudito come esecutore e direttore d’orchestra: ma la sua fama venne meno col mutare del gusto, e anche le sorti finanziarie di un’impresa concertistica da lui fondata mutarono al punto che egli finì in condizioni economiche tutt’altro che floride.

Johann Christian è il maggior sinfonista tra i figli di Johann Sebastian, ed è anche, dei figli del grande Bach, quello che più si scostò come compositore dalla via battuta dal genitore.
Padre Martini, Jommelli e tutti gli altri operisti italiani lasciarono su di lui un’impronta decisiva, tanto che egli coltivò con particolar cura, a differenza degli altri Bach, la produzione teatrale.
Nella musica strumentale, anche per il fatto di far parte di una generazione ormai proiettata verso l’800, egli tende a plasmare l’orchestra con grande eleganza, secondo i nuovi principi introdotti dalla scuola di Mannheim.